Instytut zrealizował około 130 krajowych projektów badawczych, rozwojowych i innych finansowanych z krajowych źródeł finansowania nauki, włączając w to projekty krajowe finansowane przez Unię Europejską. Większość z nich była związana z nauką o środowisku i żywności.

Ostatnio zakończone projekty:

1. Rozbudowa infrastruktury i doposażenie laboratoriów Centrum Doskonałości AGROPHYSICS
2. Środowiskowe Laboratorium Energii Odnawialnej
3. Prototyp urządzenia opartego na metodzie emisji akustycznej do oceny kruchości i tekstury jabłek
4. Sieć AgEngPol
5. Sieć AgroGas
6. Opracowanie sposobu wytwarzania i zastosowania technicznego oleju gorczycowego do smarowania pił łańcuchowych do cięcia drewna